La gestion de l’eau et des milieux aquatiques, la définition d’objectifs et d’orientations dans le SDAGE, reposent sur le découpage en "masses d’eau".

Telle que définie dans la Directive Cadre Européenne sur l’Eau, une masse d’eau est un lac, un réservoir, tout ou une partie de rivière, de fleuve ou de canal ou bien encore le volume d’eau souterraine contenu dans un ou plusieurs aquifères. On distingue de fait les masses d’eau de surface des masses d’eau souterraine.
Parmi les masses d’eau de surface, sont également identifiées des masses d’eau dites de transition ou côtières, présentant donc une salinité plus ou moins marquée.

Les masses d’eau sont classées en trois catégories :
 les masses d’eau dites « naturelles » pour lesquelles les références biologiques sont celles d’un milieu naturel ;
 les masses d’eau fortement modifiées (MEFM) : ce sont des masses d’eau à l’origine naturelle qui accueillent une activité anthropique ayant induit des modifications fondamentales de leurs caractéristiques originelles. Atteindre le bon état écologique induirait des incidences négatives importantes sur ces activités, ce qui rend les situations peu ou pas réversibles. Pour les MEFM, on parle de « bon potentiel écologique » ;
 les masses d’eau artificielles : ce sont des masses d’eau de surface qui ont été créées par l’activité humaine. Il n’y a pas de masse d’eau artificielle à l’échelle du district hydrographique de la Guyane.

Lors de la phase d’identification des masses d’eau, celles-ci sont sélectionnées en considérant une taille significative et des caractéristiques physiques, biologiques et/ou physico-chimiques homogènes.

Voir les masses d’eau de Guyane, présentées dans le chapitre 1 du projet de SDAGE